ക്ഷേത്രം സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന പുണ്യഭൂമി നൂറ്റാണ്ടുകൾക്ക് മുൻപ് ഘോരവനപ്രദേശമായിരുന്നു. തൊഴിലിടവും പാർപ്പിടവും തേടി മനുഷ്യർ ഇതരപ്രദേശങ്ങളിലേക്ക് കുടിയേറ്റം തുടങ്ങിയതിൻ്റെ ഭാഗമായി തിരുവനന്തപുരം ജില്ലയിലെ ചവർക്കോട്ട് നിന്നും ഒരു സംഘം 19 -ാം നൂറ്റാണ്ടിൻ്റെ അവസാന ഘട്ടത്തിൽ ആലഞ്ചേരി ഏലാമുറ്റത്ത് തലക്കലെത്തി. അതിൻ്റെ ഭാഗമായിരുന്ന ശ്രേഷ്ഠയായ ഒരു സിദ്ധയോഗിനി സന്യാസിനിയമ്മ സർപ്പ സാന്നിദ്ധ്യം കൊണ്ട് അനുഗ്രഹീതമായിരുന്ന സർപ്പക്കാവിന് സമീപം സർപ്പാരാധന തുടങ്ങുകയും അവിടെ ഒരു ആശ്രമം സ്ഥാപിക്കുകയും ചെയ്തു. ആ സന്യാസിനിയമ്മയുടെ തപോഭൂമിയാണിവിടം. സിദ്ധാചാരപ്രകാരം സന്യാസിനിയമ്മയെ സമാധിയിരുത്തിയയിടം. സാമിനിയമ്മയുടെ ദൗത്യനിർവ്വഹണത്തിന് കൈത്താങ്ങായി മന്ത്രതന്ത്ര യോഗവിദ്യകളിലും വിഷചികിത്സയിലും അഗ്രഗണ്യനും പുരാണേതിഹാസങ്ങളിൽ അതീവ അവഗാഹിയുമായിരുന്ന പപ്പു ആശാൻ്റെ വരവോടെ നാഗരാജ പ്രതിഷ്ഠ സ്ഥാപിക്കുകയും ക്രമേണ മഹാദേവനെ പ്രതിഷ്ഠിച്ചുള്ള ആരാധനയും കൂടാതെ സർപ്പബലിയും പുള്ളുവൻ പാട്ടും മാസംതോറും നടത്തിയിരുന്നു.

ആരാധനാ മൂർത്തികളായ മഹാദേവനും സർപ്പവിഗ്രഹങ്ങളും സർപ്പങ്ങളുടെ സാന്നിദ്ധ്യവും ഭക്തജനങ്ങളിൽ സൃഷ്ടിച്ച വിശ്വാസവും അവരുടെ ജീവിതാനുഭവങ്ങളും ക്ഷേത്രസമുച്ചയം വിശാലമായി സ്ഥാപിക്കുന്നതിനേയും പൂജാവിധികൾ നടത്തുന്നതിനെ കുറിച്ചും ചിന്തിക്കുവാൻ അവരെ പ്രേരിപ്പിച്ചു. തത്ഫലമിയി നടത്തിയ ജോത്സ്യവിധിയിൽ ശ്രീഭദ്രകാളിയമ്മയുടെയും നിറസാന്നിദ്ധ്യം അവിടെ കാണുകയും മഹാദേവന് തുല്യമായ പരിഗണന ആവിശ്യപ്പെടുന്നതായും കാണുകയുണ്ടായി. അതിൻ്റെ ഫലമായി മഹാദേവനും സർപ്പദേവതകൾക്കുമൊപ്പം ശ്രീ ഭദ്രകാളിയമ്മയുടേയും ശ്രീ മഹാവിഷ്ണുവിൻ്റേയും ശ്രീ ഗണപതിയുടേയും സാന്നിദ്ധ്യം ഉൾപ്പെടുത്തി ക്ഷേത്ര സമുച്ചയം വിപുലീകരിക്കുകയും മഹാദേവരുടെ ഷഢാധാര പ്രതിഷ്ഠ സഹിതം മറ്റു ദേവീദേവന്മാരേയും പ്രതിഷ്ഠിച്ച് ആരാധന തുടരുന്നു

ക്ഷേത്രം തന്ത്രി ബ്രഹ്മശ്രീ പനാവൂർ പരമേശ്വരൻ നമ്പൂതിരിയുടേയും ക്ഷേത്രാചാര്യൻ മഹാമണ്ഡലേശ്വർ സംപൂജ്യ സ്വാമി പ്രഭാകരാനന്ദ സരസ്വതിയുടെയും കാർമ്മികത്വത്തിൽ ചണ്ഡികാഹോമം സർഷബലി ഉൾപ്പെടെയുള്ള പ്രധാന പൂജാവിധികളെല്ലാം ഇവിടെ നടത്തുന്നു.

ക്ഷേത്രത്തിൽ വസിയ്ക്കുന്ന ദേവിദേവന്മാരുടെ ചൈതന്യവും അവ ഭക്തജനങ്ങളിൽ സൃഷ്ടിച്ചിരിക്കുന്ന അനുഭങ്ങളും നാനാഭാഗങ്ങളിൽ നിന്നും ഭക്തരെ ഇവിടേക്ക് ആകർഷിച്ചുകൊണ്ടിരിക്കുകയും തത്ഫലമായി ക്ഷേത്രം പ്രസിദ്ധിയിലേക്ക് ഉയരുകയും ചെയ്ത്കൊണ്ടിരിക്കുന്നു